2025 poremećaji pokreta Recenzijski članak godine
Istraživanje neurodegenerativnih bolesti korištenjem tehnologija sekvenciranja dugog čitanja i optičkog mapiranja genoma 

---

cvrkut

Oduševljeni smo što smo dobili nagradu za „Revijalni članak godine 2025.“ od strane poremećaji pokreta časopis. Nakon slanja u poremećaji pokreta U članku koji opisuje dvoje braće i sestara s fenotipom kompatibilnim s Parkinsonovom bolešću (PB) povezanom s PRKN-om, riješenom sekvenciranjem dugog čitanja (LRS), glavni urednik nas je ljubazno pozvao da napišemo recenziju usmjerenu na nove tehnologije za publiku koja nije genetičar.

Vjerovali smo da je ovaj pregled došao u pravo vrijeme iz dva razloga. Prvo, sve više ljudi koristi LRS u kontekstu neurodegenerativnih bolesti, a sve veća količina dokaza iz literature potvrđuje njegovu sposobnost rješavanja slučajeva neobjašnjivih sekvenciranjem cijelog egzoma ili cijelog genoma s kratkim čitanjem. Drugo, najnoviji pregled objavljen je 2021. godine od strane Su i saradnika u časopisu Neurology, stoga se ažuriranje činilo potrebnim. Sa zadovoljstvom smo prihvatili tekst i nastojali smo ponuditi široku perspektivu nedavnih dostignuća i LRS-a i optičkog mapiranja genoma (OGM), kao i njihova ograničenja, izazove i mogućnosti za budućnost. 

Postoje tri glavne vrste genetskih varijacija koje utiču na ljudske osobine: male varijante (varijante koje uključuju manje od 50 baznih parova, koje se nazivaju i varijante s jednim nukleotidom i insercije/delecije), kratki tandemski ponovci (također poznati kao RE ponavljanja) i strukturne varijante (SV, delecije, insercije, duplikacije, inverzije, translokacije). Mnogi vjerovatni monogenski poremećaji još uvijek nemaju tačnu molekularnu dijagnozu, prvenstveno zato što konvencionalne metode sekvenciranja nisu efikasne u otkrivanju SV i RE, koji su oba uzročni kod mnogih neurogenetskih bolesti. Stoga, nekoliko inicijativa ima za cilj korištenje LRS i/ili OGM za dešifriranje genetskih osnova neurodegenerativnih bolesti. U pregledu smo naveli nekoliko sveobuhvatnih primjera kako bismo čitaocu ponudili razumijevanje dostignuća LRS i OGM. Razmatramo kako nam je LRS omogućio da otkrijemo varijante koje nisu identificirane kratkim sekvenciranjem kod poznatih neurodegenerativnih bolesti (npr. PRKN, SPG4) i otkrijemo nove uzročne gene (npr. bolest neuronske intranuklearne inkluzije i ekspanzija NOTCH2NLC 5'UTR, spinocerebelarna ataksija tip 4 i ZFHX3). Također ilustrujemo sposobnost LRS-a da karakterizira veličinu i motiv ponavljanja, koji utječu na dob početka, penetraciju, nasljeđivanje i kliničke fenotipove (CANVAS i RFC1, FXTAS i FMR1, SCA27B i FGF14). Također opisujemo mogućnost faznog određivanja varijanti korištenjem LRS-a i razlikovanja varijanti u genima od onih u njihovom pseudogenu (GBA1, SORD2), kao i mogućnost identifikacije novih transkripata. Također naglašavamo prednosti i nedostatke optičkog mapiranja genoma u identifikaciji SV i RE. Iako se ove tehnologije za sada uglavnom koriste u istraživačkom okruženju, očekujemo širu primjenu u kliničkim laboratorijama u budućnosti. Nadamo se da će ovaj pregled biti koristan stručnjacima u razumijevanju njihove korisnosti i ograničenja te u njihovom mudrom korištenju, bilo u kontekstu dijagnoze ili istraživanja!  

Pročitajte članak

Poslušajte intervju u podcastu o ovom članku:

  Slušajte sada

 

cvrkut